Los materiales obtenidos durante las excavaciones deben someterse a un riguroso proceso de análisis. Este proceso comienza con una fase inicial de limpieza, seguida de la clasificación de todos los materiales, que pueden incluir cerámica, huesos, objetos de piedra, textiles, conchas, restos vegetales, fauna, entre otros. A continuación, se procede con el etiquetado, registro fotográfico, dibujo, pesaje y embolsado.
Además, contamos con un equipo altamente especializado capaz de llevar a cabo una variedad de estudios avanzados, como análisis de ADN antiguo y moderno, termoluminiscencia, análisis de granos de almidón, antracología, flotación, análisis de restos de fauna y flora, estudios de antropología física, isótopos, y otros métodos especializados.